Pour cette première saison en Ligue 1 depuis leur retour, les Girondins vont s’activer durant l’été. Sous l’impulsion d’Alain Afflelou et de Rolland Courbis, les Bordelais font signer un jeune joueur de l’AS Cannes : Zinedine Zidane. Il n’est pas encore le plus grand joueur français de tous les temps. Mais il possède déjà la classe. Le natif de Marseille rejoint les Girondins contre trois millions de francs (460000 €), au nez et à la barbe du rival marseillais qui hésite un moment. Trop longtemps. Le jeune Zinedine rejoint une génération de jeunes joueurs formés au club. On y trouve Christophe Dugarry, Bixente Lizarazu, Jean-Luc Dogon, François Grenet ou encore Ronand Salaün. Les deux premiers cités et Zidane ne le savent pas encore mais ils formeront une des plus belles associations de l’équipe de France sur le côté gauche. Avec leurs coéquipiers, ils redonneront la fierté au peuple bordelais. Au terme de la saison 1992-1993, les Girondins terminent 4ème à 5 points du champion, l’Olympique de Marseille. Les joueurs de la Canebière seront destitués quelques semaines plus tard après le scandale de l’affaire « OM-VA », un des plus retentissants du football français.
Ce retour tant attendu en D1 (appellation de l’époque) est une réussite pour les Girondins de Bordeaux. Ils atteignent non seulement une place d’honneur (4ème) mais font aussi parler d’eux grâce à un record battu. Celui de nombre de minutes sans encaisser un but dans le championnat de France. 1176 minutes. C’est le temps où Gaétan Huard, le gardien du but des Girondins, reste invincible, au Parc Lescure ou à l’extérieur. De la 17ème journée (73ème minute) à la 31ème journée, les cages seront préservées. C’est aussi une saison où la jeune recrue Zidane marque 10 buts. Dugarry et Salaün en mettent 6 chacun. Le jeunesse prend le pouvoir. Bordeaux est de retour.
A l’orée de la saison 1993-1994, Bordeaux poursuit sa renaissance. Après la saison de la remontée, c’est l’année de la stabilité. Pour ce faire, les dirigeants bordelais recrutent des joueurs d’expérience. Marcel Dib pose ses valises au Haillan. Philippe Vercruysse, Stéphane Paille et Richard Witschge en font de même. Bordeaux repart donc avec une équipe mêlant les jeunes joueurs en devenir et des professionnels confirmés. Le début du championnat est idéal. Bordeaux bat Paris pour la première journée (1-0) puis le Havre à l’extérieur sur un score sans appel de 0-3.
Et Bordeaux confirme. Pour la deuxième saison consécutive, les Girondins terminent 4ème du championnat de France. Une confirmation qui replace définitivement les Marine et Blanc en haut du football français. Néanmoins, il manque encore quelque chose pour aller plus haut. Le Paris Saint-Germain remporte cette année-là le deuxième titre de son histoire, devant Marseille et Auxerre.
Cette saison 1993-1994 permet également aux Girondins de retrouver l’Europe via la Coupe de l’UEFA. Lors du premier tour, ils affrontent les Bohemians de Dublin. Une chaude ambiance en Irlande pour retrouver le goût de l’Europe. Les joueurs de Courbis s’imposent 1-0 à l’aller grâce à Dugarry et 5-0 au retour. En 16ème de finale, les Suisses du Servette de Genève arrivent à Bordeaux. Le club au Scapulaire s’impose, certes, mais concède un but à domicile (2-1). Il est inscrit par un jeune brésilien : Sonny Anderson. C’est grâce à cette rencontre que le football français le repère. Il jouera successivement pour Marseille, Monaco et Lyon après un intermède au F.C Barcelone ! 15 jours plus tard, c’est un Bordeaux conquérant qui s’impose chez les Helvètes sur le plus petit des scores (0-1). Les Girondins s’ouvrent toutes grandes les portes des 8ème de finale.
Et cette fois, les Girondins héritent des Allemands de Karlsruhe. Cette solide formation possède un jeune gardien en devenir : Oliver Kahn. Connaissant le grand traumatisme français de 1982 face aux Allemands, les Girondins ne sont pas donnés favoris mais ils réalisent un grand match sous l’impulsion de Zidane. Offensif d’entrée, Bordeaux manque d’ouvrir le score par Dugarry mais la volée du jeune girondin tape la barre. Le match devient de plus en plus stressant. A la 77ème minute, Bordeaux obtient un coup-franc. Le frappeur ne s’est pas encore présenté que tout le Parc Lescure scande le nom de Zidane. « Zizou, Zizou, Zizou… », le chant est sans fin. Ou plutôt si, il prend fin pour laisser place à une explosion de joie. Zidane vient de mettre le ballon dans la lucarne de Kahn. 1-0 pour Bordeaux, Karlsruhe ne reviendra pas. Ce match aller des 8ème de finale de la Coupe de l’UEFA est le premier grand match d’une génération appelée à en jouer d’autres. Ce soir là, la composition d’équipe est la suivante : Huard – Guérit, Dogon, Sénac (cap.), Croci (Witschge, 60ème) – Dib, Dugarry, Lucas, Zidane – Paille (Fofana, 68ème), Lizarazu.
Malheureusement, au retour, les Marine et Blanc vivent un cauchemar. Battu 3-0, Bordeaux craque complètement dans ce match retour et l’expulsion de Paille avant la mi-temps, alors que Bordeaux était mené 1-0, n’arrange rien. Les Bordelais sont déçus mais ont appris. Beaucoup voit en ce match la fin d’une aventure, elle ne fait que commencer.
Cette équipe de 1993-1994 est encore en devenir. L’apport d’un joueur comme Witschge donne une nouvelle dimension au milieu de terrain bordelais. Infatigable travailleur, le talentueux néerlandais continue la grande tradition des « Orange » au pays du vin. Après De Harder, Witschge est un des hollandais qui marquera son passage. A la fois dur au mal et technique, la relation qu’il entretient avec des joueurs comme Zidane et Dugarry apportera beaucoup aux Girondins de Bordeaux.
Après avoir pérennisé le club au plus haut niveau français, les Girondins de Bordeaux entament la saison 1994-1995 sur de nouvelles bases et avec de nouveaux espoirs. Le premier changement majeur concerne l’entraîneur. Rolland Courbis part. Il sera remplacé par Toni. L’entraîneur portugais arrive avec une solide réputation derrière lui. L’effectif a également changé. Marcel Dib et Stéphane Paille quittent Bordeaux après une petite saison. Plancque et Santos feront de même. De nouveaux joueurs arrivent pour combler ces départs. Bancarel, Fournier, Dutuel et Prunier (les deux derniers jouaient pour l’OM la saison précédente !) rejoignent les Girondins pour tenter de rentrer dans les trois premières places de la D1.
Alors que les supporters bordelais fondent beaucoup d’espoirs sur leur équipe, celle-ci ne va pas parvenir à franchir ce pallier tant espéré. Toni est remercié au bout de 6 mois, remplacé par Eric Guérit, qui avait commencé la saison comme joueur. Les Bordelais réalisent de bonnes performances (victoire en déplacement à Sochaux par 4 à 1, à Nice sur le score de 2 à 0, contre Metz et Marseille à Lescure, respectivement sur les scores de 4 à 2 et 1 à 0). Néanmoins, les pensionnaires du Haillan encaissent aussi certaines déroutes avec Monaco comme bourreau. Le club de la Principauté l’emporte sur le score sans appel de 0-3 à Bordeaux avant de gagner 6-3 à Louis II. Les Girondins perdront encore 3 fois à domicile face au Havre (0-1), à Lens (1-2) et à Cannes (0-2).
En Coupe d’Europe, la saison n’est pas fameuse non plus. Certes, les Girondins disposent facilement des modestes norvégiens de Lilleström en 32ème de finale (3-1 ; 2-0) mais butent sur les Polonais de Katowice. Pourtant tête de série et favoris logique de ce double affrontement, les Girondins seront surtout pénalisés par leur manque de réalisme, aussi bien à l’aller qu’au retour.
Le club finit 7ème, bien loin des ambitions affichées en début de saison par le Président Afflelou. Une saison à oublier qui aura vu deux entraîneurs se succéder sur le banc des joueurs au Scapulaire.