A l'issue de cette saison fabuleuse, Dieter Müller s'en va, Martinez et Audrain partent à Marseille. Côté arrivées, c'est moins pléthorique que les saisons précédentes. L'allemand Uwe Reinders et les marseillais Pascal et De Bono font leur arrivée au Haillan, ainsi que Malbeaux. En défense, on notera l'apparition en cours de saison d'un talentueux jeune formé au club, Alain Roche. Sa carrière à venir sera exemplaire.
Mais on réalise vite côté bordelais que cette nouvelle équipe ne possède pas l'entente totale qui a fait le succès de sa devancière. De ce fait, le titre s'échappe rapidement, au profit du Paris SG. Seul fait marquant de ce championnat pour les Girondins : le 18 Janvier 1986, ils s'inclinent à Monaco sur le score de 9-0, devant les caméras de Canal + ! Et il n'y avait que 2-0 au repos...
Autre conséquence des balbutiements de début de saison, l'élimination prématurée en coupe des champions par Fenerbahce. Les Turcs s'imposent 3-2 à Lescure, à la surprise générale, et tiennent le 0-0 au retour. Pour sauver la saison, seule reste la coupe de France...
Tout va bien jusqu'en demi-finale. Là, les Girondins tombent sur leur futur successeur au palmarès du championnat, le Paris SG. Le match aller au Parc des Princes s'annonce délicat, d'autant plus que Giresse est blessé. Mais un exploit de Reinders permet aux bordelais d'arracher le nul 1-1. Au Parc Lescure, les Girondins s'imposent 2-1 et se qualifient pour leur 8ème finale.
Au Parc des Princes, l'adversaire désigné est l'Olympique de Marseille, tout juste repris par Bernard Tapie. C'est le premier affrontement d'une longue série, qui précipitera Bordeaux en D2 quelques années plus tard...
Mais pour l'instant, il ne s'agit que de football. Diallo ouvre la marque sur pénalty pour l'O.M., Tigana égalise quelques minutes plus tard. On a recours à la prolongation pour départager les deux équipes, et c'est Giresse qui donne la victoire aux Marine et Blanc d'une superbe balle piquée aux dépens du portier olympien Joseph-Antoine Bell. 2-1 après prolongation : après 45 ans d'attente, la Coupe est enfin de retour à Bordeaux !
« Nous n’avions pas programmé cette victoire. Dès notre élimination à Istanbul en Coupe d’Europe, nous avions tiré une croix sur cette saison pour mieux repartir l’année suivante » reconnaîtra Claude Bez dès le coup de sifflet final. Ce sera le cas. Et de quelle manière ! Bordeaux à, une nouvelle fois, vu très grand. Bonjour les frères Vujovic, Ferreri, Vercruysse et Touré. Fargeon arrivera à la chute des feuilles. Pourtant, l’été avait été orageux pour les Bordelais après, courant juillet, le départ stupéfiant d’Alain Giresse pour l’O.M !
Le champion, c’est Bordeaux. Le vainqueur de la Coupe de France, c’est Bordeaux. Encore face à l’O.M. les Girondins viennent de réaliser le premier, et jusqu’à maintenant, l’unique doublé de leur existence. Bordeaux aurait même pu réussir un triplé légendaire…s’il n’avait pas échoué en ½ finale de la Coupe des Coupes à Leipzig aux tirs au but. Après avoir sorti successivement, les Irlandais de Waterford, les Portugais de Benfica, et les Russes du Torpedo de Moscou. Excusez du peu !
Fin Juillet 1986, la nouvelle fait l'effet d'une bombe dans le milieu du football : Alain Giresse quitte Bordeaux ! En désaccord avec Claude Bez pour des raisons jamais vraiment éclaircies, il rejoint Marseille, désormais l'ennemi juré. La puissance financière de Bernard Tapie commence à faire des ravages dans le football français, peu habitué à de telles manières. Déjà, quelques mois plus tôt, il a tenté d'arracher Jean Tigana aux bordelais...
C'est donc sans Giresse que les Girondins vont vivre leur plus fabuleuse saison. Cette fois, le recrutement a été conséquent. Philippe Vercruysse, José Touré et Jean-Marc Ferreri viennent étoffer le milieu de terrain avec une vocation offensive non dissimulée. Autre renfort de choix : les jumeaux yougoslaves Zlatko et Zoran Vujovic, un défenseur et un attaquant. Un recrutement ambitieux et très cher, Bez ayant dû racheter les contrats de tous ces nouveaux joueurs, à l'exception de celui de Touré. Les résultats sont donc impératifs, ils seront au rendez-vous.
L'arrivée des jumeaux yougoslaves interdit l'utilisation de Reinders et de Chalana (toujours blessé), en vertu de la règle des deux étrangers; de plus, Touré ne sera pas disponible avant la trêve. L'effectif n'est donc pas si pléthorique que cela. Une équipe type se dégage rapidement : Dropsy, Thouvenel, Specht, Battiston, Zoran Vujovic, Girard, Rohr ou Roche, Tigana, Vercruysse, Ferreri, Zlatko Vujovic. Bernard Lacombe sera le plus souvent remplaçant.
Première modification au mois de Décembre, avec l'arrivée d'un inconnu : Philippe Fargeon. Tout le monde prend Bez pour un fou quand il engage comme joker ce savoyard évoluant à Bellinzona, dans le championnat suisse ! La suite prouvera que Claude Bez a fait preuve d'un flair incroyable, puisque Fargeon inscrira 15 buts en 18 matches de championnat ! La seconde modification sera la rentrée de José Touré au printemps; le "brésilien" s'imposera au milieu du terrain.
Le début de championnat permet aux Girondins de repérer leurs adversaires dans la course au titre : ce sera Nantes et surtout Marseille. Le premier choc a lieu à la Beaujoire : Nantes-Bordeaux. Les bordelais dominent, obtiennent un pénalty que Zlatko Vujovic rate complètement. Il jurera de ne plus jamais en tirer, ce qui sera lourd de conséquences... Les Nantais ne ratent pas le leur, et corsent l'addition en contre en fin de match. Score final 3-0 pour Nantes, et l'O.M. s'échappe.
Le 17 Octobre, les Girondins se déplacent à Marseille. La rencontre s'annonçait plaisante, elle sera en fait très tendue (comme toutes celles à venir), suite à une agression non sanctionnée de Papin sur Zoran Vujovic. Le yougoslave se venge en marquant, Sliskovic riposte pour l'O.M. et on se quitte sur un 1-1.
Par la suite, Bordeaux accumule les matches nuls, et perd même à domicile contre Brest, tandis que Marseille fait le plein de points. L'arrivée de Fargeon va redonner un coup de fouet à l'attaque girondine. Il marque dès son premier match contre Lille, récidive au match suivant contre le Racing d'un ciseau retourné magistral, avant d'en planter 2 au match d'après contre Nice !
A la reprise, Bordeaux prend sa revanche sur les Canaris à Lescure (2-0), puis poursuivent leur duel à distance avec les marseillais. Point d'orgue de cet affrontement, le Bordeaux-Marseille du 11 Avril. Les hommes de Jacquet gagnent facilement 3-0, dans un match une fois de plus heurté, où Rohr et Diallo sont expulsés.
A 6 journées de la fin, Bordeaux possède un point d'avance, mais les rôles s'inversent quand Toulouse vient gagner à Lescure tandis que Marseille s'impose à La Beaujoire ! Les bordelais sont ils en train de payer leurs efforts sur les trois tableaux (championnat, coupe de France, coupe d'Europe) ? Beaucoup le pensent, mais la fin de championnat va leur prouver que Bordeaux est solide.
Victoire 2-1 à Laval, 2-0 à domicile contre Auxerre tandis que l'O.M. perd à Nice, et Bordeaux repasse devant. Le championnat se joue la semaine suivante, puisque Marseille perd à domicile contre Lens alors que les Girondins font match nul 1-1 à Brest grâce encore à Fargeon. Le sacre définitif a lieu lors du match suivant au Parc Lescure, où les Verts sont défaits 1-0 (but de Fargeon) tandis que les Olympiens tombent à Paris 2-0. La première levée est donc pour Bordeaux, champion avec 4 points d'avance.
Le tirage au sort a désigné le Racing comme adversaire des Girondins lors des 32èmes de Finale. Le match se joue à Lyon, et les Racingmen perdent, comme en championnat : 3-1. En Seizièmes de Finale, on retrouve les matches aller-retour. Gueugnon tient le nul 0-0 sur ses terres mais s'incline 3-1 à Lescure.
Les choses se corsent en huitièmes, puisque l'adversaire n'est autre que Monaco. Les Girondins s'en défont néanmoins sans trop de problèmes en gagnant 2-0 à Lescure, laissant la victoire au retour aux monégasques 2-1. Scénario à peu près semblable en quarts de finale contre Lille : la décision se fait dès le match aller à Bordeaux, qui l'emporte 3-1. Au retour, Vujovic ouvre le score. Les lillois se réveillent en fin de match, marquent deux fois dans les cinq dernières minutes, mais cela ne suffit pas, Bordeaux est qualifié.
En demi-finale, il reste 2 équipes de D1 (Bordeaux et Marseille) et 2 équipes de D2 (Alès et Reims). Le tirage au sort fait bien les choses, opposant Bordeaux à Alès et Marseille à Reims. On se dirige vers une finale Bordeaux-Marseille, réplique du duel en championnat. Marseille se défait aisément de Reims (2-1 et 5-1), tandis que les Girondins peinent à éliminer les Cévenols : 2-2 à Alès, et un pitoyable 0-0 à Lescure.
Le 10 Juin 1987, au Parc des Princes, on assiste donc, pour la première fois de l'histoire, à la même finale que l'année précédente. Et le vainqueur sera le même ! Alain Giresse a beau se démener face à ses anciens coéquipiers, Bordeaux s'impose 2-0, grâce à un but de Fargeon après 14 minutes de jeu, Zlatko Vujovic clôturant la marque à 2 minutes de la fin.
Les Girondins réalisent donc le doublé, tandis que les marseillais subissent le même sort que les bordelais en 1952 contre Nice : dauphins en championnat de leur vainqueur en finale de la coupe. Ce que l'on ne sait pas encore, c'est que Marseille va dominer le football français comme seul Saint Etienne l'a fait avant, alors que Bordeaux ne connaîtra plus la joie d'un trophée...
La campagne européenne commence en douceur, avec les irlandais de Waterford. 2-1 en Irlande, 4-0 à Lescure, on passe à la suite. Et la suite, c'est Benfica !
Au match aller, devant 110 000 personnes au stade de la Luz, les Girondins obtiennent un excellent nul 1-1, Zlatko Vujovic ouvrant le score avant que Rui Aguas n'égalise. Le match retour est hyper tendu. Vercruysse marque d'un somptueux coup franc juste avant la pause, puis la défense tient. 1-0, Bordeaux se qualifie.
En quarts de finale, l'adversaire désigné est le Torpedo Moscou. Les Girondins l'emportent 1-0 à Lescure au match aller (but de Fargeon), malgré une domination constante. Le match retour s'annonce délicat, il le sera. Pourtant, sur un contre, Zlatko Vujovic obtient un pénalty que Touré transforme (38ème). Peu après la reprise, Agachkov égalise sur pénalty (48ème). Prigoda donne un coup de main aux bordelais en marquant contre son camp (59ème), mais Chirinbekov (62ème) et Agachkov sur un nouveau pénalty (70ème) donnent l'avantage au Torpedo ! Les 20 dernières minutes seront terribles, mais la défense tient, et Bordeaux se qualifie grâce aux buts à l'extérieur.
En demi-finale, les Girondins retrouve le Lokomotiv Leipzig, qui les avait éliminés sèchement en 1983. Match aller à Bordeaux : les Marine et Blanc dominent comme jamais on n'a dominé en coupe d'Europe. Mais le gardien allemand Müller arrête tout, et quand il est battu, c'est la barre qui le sauve, sur un superbe coup-franc de Touré ! Et à la 65ème minute, c'est le drame. Zoetsche remonte le ballon côté droit, centre pour Richter. Ce dernier dévisse complètement sa reprise, qui part en vrille, le ballon retombe sur la barre qui le redonne à Bredow qui passait par là : 1-0 pour Leipzig !
Le match retour s'annonce délicat : aucune équipe française n'a jamais gagné en R.D.A., et en plus Battiston et Specht sont forfait ! Ce sont Rohr et Roche qui les remplacent. Dès la 4ème minute, Zlatko Vujovic, aidé par le défenseur allemand Lindner, remet les deux équipes à égalité. Les allemands bétonnent ensuite derrière, rien ne passe. Bordeaux est à deux doigts de tomber lorsque Leipzig obtient un pénalty, mais Dropsy l'arrête ! La prolongation ne donne rien, on en arrive donc aux tirs au but.
La première série de 5 tireurs ne donne rien (4-4). Roche marque, les allemands aussi. Il faut trouver un 7ème tireur à Bordeaux, le regard se porte naturellement sur les deux attaquants de pointe, Fargeon et Zlatko Vujovic. Et là, faillite complète ! Zlatko refuse de tirer les penalties depuis son échec à Nantes, quand à Fargeon, dieu seul sait pourquoi il refuse... Toujours est-il que c'est Zoran Vujovic qui s'y colle, et qui rate, comme on pouvait s'y attendre... Autant, deux ans avant contre la Juve, on avait le sentiment d'avoir perdu contre plus fort que soi, autant cette fois, on a le sentiment d'être bêtement passé à côté de quelque chose de grand. Comme on aurait aimé voir les Girondins affronter l'Ajax Amsterdam des Van Basten, Verlaat, Rijkaard, Gullit, Bergkamp, Witschge, Winter...
Après la déconvenue de Leipzig et le brillant doublé, bon nombre des glorieux anciens s'en vont : Battiston part à Monaco, Specht retourne en Alsace, Lacombe et Rohr vont s'occuper d'un centre de formation. Côté arrivée, Didier Sénac vient de Lens pour renforcer la défense, et Dominique Bijotat de Monaco pour l'attaque. Eric Péan rejoint également le Haillan, tandis que deux jeunes issus du centre de formation sont lancés dans le grand bain : Christophe Dugarry et Bixente Lizarazu.
Malgré ces renforts, Bordeaux ne réussira pas la passe de trois en championnat. Patrick Battiston la réalise avec Monaco, emmené par un grandiose Glenn Hoddle. Les monégasques sont champions, devant les bordelais, à 6 points. Fargeon marque 13 buts et est une nouvelle fois meilleur buteur du club, tandis que Giresse termine sa carrière à Marseille. En coupe, les Girondins tombent dès le premier tour, aux penalties face à Nantes. En coupe d'Europe, Bordeaux est sorti en quarts de finale par le futur vainqueur, le PSV Eindhoven, sans perdre (1-1, 0-0).
A l'intersaison, les départs sont nombreux : Philippe Vercruysse rejoint la Canebière, Zlatko Vujovic part à Cannes, Bijotat retourne à Monaco, accompagné de José Touré, Girard prend sa retraite.
Pour faire face à la concurrence marseillaise, Claude Bez casse une nouvelle fois sa tirelire : il s'attache les services du meneur belge Enzo Scifo, de la star anglaise Clive Allen, du danois Jesper Olsen. Côté français, Eric Dewilder, Bernard Genghini, Yannick Stopyra, Eric Thomas viennent renforcer l'effectif. En cours de saison, c'est le prodige Eric Cantona qui, viré de Marseille après un mouvement d'humeur, viendra épauler les Girondins.
L'investissement est lourd, et cette fois-ci, la réussite n'est pas au rendez-vous. Bordeaux passe complètement à côté de sa saison. Les Girondins se font éliminer une nouvelle fois par le futur vainqueur de la coupe d'Europe (Naples, en C3), sont ridiculisés par Beauvais dès le premier tour de coupe de France, et surtout terminent treizièmes du championnat.
Ces mauvais résultats entraînent le limogeage d'Aimé Jacquet en cours de saison, après 26 matches; il est remplacé sans succès par Didier Couécou. C'est la fin de 8 années de rêve. Pour la première fois depuis 1981, les Girondins ne sont pas européens. Financièrement, les conséquences sont énormes. En effet, Claude Bez avait logiquement tablé sur une qualification européenne pour son budget, en particulier pour financer les gros travaux d'aménagement du Haillan...