Pour remonter la pente, une seule solution : faire rentrer de l'argent. Pour cela, il faut obtenir des résultats, et vendre des joueurs.
On va alors assister à quelque chose d'assez comique : une circulation de joueurs entre Bordeaux et Marseille, avant une lutte sans pitié entre ces deux clubs pour le titre. Ainsi, Tigana et Roche vont à Marseille, tandis que Bell, Allofs, Durand et Meyrieu parcourent le chemin en sens inverse. Pour renflouer les caisses, l'effectif est épuré : départs d’Allen, Cantona, Dewilder, Gnako, Pascal, Péan, Scifo, Thomas, Zoran Vujovic, plus les départs en retraite de Dropsy et Genghini.
Côté arrivées, Raymond Goethals prend l'équipe en main, et recrute Piet den Boer, Jean-Luc Dogon, Stéphane Paille, Bernard Pardo. Patrick Battiston revient finir sa carrière aux Girondins, tout le monde croit à un nouveau titre.
Tout le monde y croit... jusqu'à la trêve. Les Girondins sont impériaux, en particulier à domicile, où ils encaissent leur premier but fin Décembre ! Mais Marseille s'accroche, emmené par un Papin euphorique. A la reprise, les Girondins calent, l'effectif est trop juste. Malgré trois joueurs à 14 buts (Allofs, Ferreri, den Boer), les Girondins finissent seconds à 2 points de Marseille. Papin marque 30 buts et l'O.M. remporte son second titre d'affilée. C'est le chant du cygne pour Bordeaux...
A la fin du printemps 1990, l'affaire éclate : le déficit des Girondins est révélé, estimé d'abord à 100 puis 300 millions de Francs... Les attaques pleuvent de tous les côtés sur l'équipe dirigeante, le "trou" des Girondins devient un enjeu politique en vue des élections municipales.
Côté transferts, Allofs et den Boer partent, Ben Mabrouk, Deschamps, Gudjohnsen, Kieft, Plancque, Vervoort arrivent, Fargeon revient au bercail. Mais le début de saison est plus qu'agité, les affaires prenant le pas sur le sport.
Bez est contraint de démissionner, les présidents de pacotille se succèdent, et bien évidemment les résultats sportifs en pâtissent. Les étrangers déçoivent, Fargeon effectue un retour aussi catastrophique que sa première arrivée avait été brillante. Pour couronner le tout, les Girondins sont humiliés en coupe d'Europe par l'A.S. Roma, 5-0 et 2-0... Côté entraîneurs, Goethals quitte Bordeaux pour aller épauler Beckenbauer sur la Canebière après seulement 3 journées...Rohr assure l'intérim avant de laisser les commandes à Gérard Gili.
La situation se stabilise quelque peu lorsque Jean-Didier Lange, bras droit du lunettier bordelais Alain Afflelou, prend la direction du club en Novembre 1990. Tant bien que mal, les Girondins se classent dixièmes du championnat, mais l'inévitable dépôt de bilan entraîne la rétrogradation du club à titre disciplinaire en fin de saison, en compagnie de Brest...
Bien évidemment, la relégation s'accompagne du départ de joueurs : Bell, Ben Mabrouk, Deschamps, Durand, Ferreri, Kieft, Thouvenel, Vervoort s'en vont, Battiston prend sa retraite. Heureusement, certains tentent le pari de la remontée immédiate. Ainsi, Gaëtan Huard, mis à l'écart sans ménagement de l'O.M., rejoint les bords de la Garonne. Rainer Ernst, Thierry Fernier, Jean-Marc Ferratge, Patrice Lestage, Patrice Marquet, Michel Milojevic viennent participer à l'aventure de la remontée, avec le renfort de Ronan Salaün en cours de saison. C'est Gernot Rohr qui est chargé de l'entraînement.
La mission s'annonce difficile, car les deux groupes sont complètement déséquilibrés. Dans leur groupe, les bordelais retrouvent Strasbourg et Bastia, aux ambitions clairement affichées, tandis que l'autre groupe ne contient aucune grosse équipe.
La lutte Bordeaux-Strasbourg sera féroce. Les Strasbourgeois cartonnent en début de saison, multipliant les 6-0 et 7-0, tandis que Bordeaux, certainement plus attendu, gagne souvent par 1 but d'écart. Mais à l'heure du décompte final, c'est Bordeaux qui monte, avec 52 points contre 49 au Racing. La remontée est acquise lors du derby contre St Seurin, 3-0, 3 penalties de Ernst.
Heureusement, les Strasbourgeois sortiront vainqueurs des barrages. Il aurait été dommage qu'une telle équipe reste en D2 à cause du déséquilibre des groupes. Illustration de ce déséquilibre : Valenciennes, vainqueur du groupe A, se fait dynamiter par les Girondins en finale de D2, 4-0 et 3-2...